另一方面，元廷为了保证盐产量又加强对盐户的控制。入元之后，征服者却按草原旧制，推行全民当差服役的“诸色户计”制度：将全体居民按职业划为民户、军户、站户、匠户、盐户、儒户、医户、乐户等等，职业一经划定，即不许更易，世代相承，并承担相应的赋役。
盐户的义务主要有两个方面，一方面作为特定官手工业部门的生产者，他们要向国家缴纳生产物，盐；另一方面他们又是封建国家的编户齐民，因而还必须和民户一样负担课差、税粮甚至杂泛差役。国家为了增加盐课收入，不断提高各盐司上缴的盐额，当许多盐户因生活困苦被迫逃亡时，官府又将他们留下的盐额加摊到现存户头上，使得课税日增，盐户日益穷困。
元政府财政收入经常不敷支出，便用滥发纸币作为弥补亏空的手段，导致纸币不断贬值，物价上涨，盐价也不例外。但是官盐价高一般百姓食用不起，势必设法买低价的盐，而贫苦盐户生活困苦也需要私下出售一部分盐用以维持低下的生活水平。
结果就是国家不放弃盐课收入，也就不能不对盐户和百姓进行盘剥，私盐也就无法灭绝。同时官僚制度必然具有腐化贪污的先天属性，又使得各项防范措施转向它自身的反面，官吏和军人凭借权势从事私盐贩卖，从而为更大规模的广泛私盐买卖提供了条件和可能。对于贫苦盐户来说，从事盐业生产的结果是他们生活日益贫困化，这不能不激起他们的反抗斗争，而这些正好可为行朝所用……
上下达成共识后不久，事情果然在向着赵昺预料的方面发展。利用元军清剿陈吊眼部的时候，许夫人所部在行朝的支持下在江西汀州和福建相邻的山区周边站住了脚，拥兵达四万余，授军号‘怀恩’，控制了周边四百里方圆的地盘。其接受了朝廷的封敕，接受改编。
正当赵昺苦于无人领导时，此时正好发现流落于建宁的原江东制置使谢枋得。其与文天祥同科考取进士，理宗年蒙古军大举攻宋，谢枋得被朝廷任为礼兵部架阁，负责招募民兵，筹集军饷，保卫饶、信、抚三州。后元军进攻宋朝江东地区。谢枋得亲自率兵与元军展开了一场血战，终因孤军无援而失败。
元军占领临安将宋恭宗、太后全氏、太皇太后谢氏俘往元朝上都后，谢枋得拒绝降元。五月，南宋景炎帝即位，谢枋得被任江东制置使。于是，他再次招集义兵，继续进行抗元斗争，但终因寡不敌众而失败。由于元军的追捕，他被迫隐姓埋名，长期流亡在建阳一带的穷山野岭之间，生活极其贫困。他每天穿着麻衣草鞋，面向东方痛哭，藉以悼念已亡的故国。
事务局的探子发现谢枋得后将其送回行朝，当他得知朝廷欲利用许夫人所部建立闽赣根据地时，便自告奋勇前往开府。赵昺以为其忠自不必说，且其有着统领义军的经历，在经过一番长谈后同意所请，任命其为闽赣安抚使加兵部侍郎衔，又从朝中挑选了一批干吏护送其前往汀州主持大局。而就在他就任不久，江西西康的杜万一利用白莲会组织起义，有众数万。号社圣人，建元“万乘”，自称天王，以谭天麟为副天王，都昌西山寺僧为国师。
建元改制乃是僭越之罪，谢枋得请示朝廷要遣兵镇压。赵昺也是奇了怪了，这些人刚刚起事不知埋头发展，刚刚攻下个县城就想着称帝，而那皇帝岂是那么好当的，自己容你鞑子也不会放过他的。便下旨令其前往招抚，若是不成再行剿灭。于是谢枋得派人联络杜万一希望其能接受朝廷的招安，共谋复国大计，却被其拒绝。
谢枋得招安不成便率军征讨，可蒙元江西行省参知政事贾居贞与江淮行省参知政事史粥已欲联兵镇压，他们以一千兵丁伪装成农商，持仗伏于小船中悄悄驶近他们的宿营地。杜万一疏于防备，与伪相失手被擒杀。谢枋得则率军趁混乱之际自背后发动袭击，将元军击溃收其余部，占据了西康。然后派兵袭击敌驿道，坚壁清野，遣小队兵丁不断袭扰，随着雨季的到来断粮的元军不得不退出西康。
次年，盘踞诏安地区的陈吊眼，在完者都和高兴及黄华降军的配合下连下十五寨，迫使其退走千壁洞。陈吊眼在重兵围困下坚持了两年，得不到补充已然困顿不堪，接着又连连失败，内外交困之下接受高兴提出的谈判建议。却不知其中有诈，被高兴趁其不备放翻擒下，押到漳州斩首。
陈吊眼一死，其父文桂、叔桂龙、弟满安率众投降，十万余众眼看就要土崩瓦解。而在一边觊觎良久的赵昺，亲率刚刚换装完毕的御前护军及第一师、第二师，炮兵第一旅突然自云霄登陆，连败元军，击杀敌征蛮副帅高兴，歼敌三万余。
完者都率残兵退入漳州，黄华自知不敌向建宁府方向撤退，又遭许夫人率军拦截，此时潜伏于黄华军中的事务局探子趁机率众哗变，其大惊之下领亲信趁夜逃走，余部归降朝廷。接下来赵昺又率军连克漳浦、平和、南靖等数座县城，建立起介于潮州和漳州之间方圆五百里的闽广边根据地。
大军不能久留，赵昺令三军各留一团为基干部队，从义军中选拔青壮组建新